<hr /><i>2013-03-01 12:17:15 sosnae добавил следующее:</i><br />
Проблема в том, что на момент запуска восстановления окон, я не могу узнать - открылось ли уже окно конфигурации. 
Как вариант обхода в конце модуля добавьте больше секунд для ожидания менеджером сессий. Сейчас по умолчанию стоит 2 секунды.