После такой последовательности действий:

  #  Открыть конфигуратор
  #  Открыть общий модуль (любой)
  #  Выбрать пункт стандартного меню Окна - Закрыть все
  #  Закрыть конфигуратор
  #  Открыть конфигуратор

Открытых модулей быть НЕ должно. А они есть. Я часто пользуюсь этой стандартной командой и раздражает находить открытыми модули,  которые я закрыл в предыдущем сеансе.