Снегопат

Хранилище внешние обработки не поддерживает.
Вариант встроенными средствами: Для хранения историй внешних обработок можно организовывать отдельную базу и встраивать туда обработки, только необходимо будет добавлять и реквизиты метаданных (например, если в обработке есть реквизит с ссылкой на Справочник.Организации, тогда необходимо будет добавить и справочник Организации).

Альтернатива: на базе Системы контроля версии и 1С я в скрипт extfiles добавил возможность делать commit и просматривать изменения. Поддерживает сейчас fossil, bzr, git (c ограничениями).